随着新一代高通量测序技术的快速发展，在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂的特点，以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。随着生物信息学作为新兴学科迅速蓬勃发展，正在改变人们研究生物医学的传统方式，高通量测序技术以及数据分析技术已成为探索生物学底层机制和研究人类复杂疾病诊断、治疗及预后的重要工具，广泛应用于生命科学各个领域，是21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口。“智能信息处理技术”为人力资源与社会保障部中国科学院北京分院国家级专业技术人员继续教育基地培训点培训项目，“生物信息”为智能信息处理技术系列培训项目之一。为进一步推动我国生物信息学特别是基因组学的发展，提高从业人员的技术水平，北京海淀中科计算技术转移中心（中科院计算所技术转移中心）举办“高通量测序应用最新技术与数据分析”高级培训班，并由北京嘉诚永恒科技有限公司具体承办，具体事宜通知如下：

一、生物信息学介绍

生物信息学介绍与前沿技术动态

二、序列的比对

1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise

3、序列比对算法分析

三、基因组/基因注释分析

1、新一代测序技术原理和数据处理介绍

2、基因组拼接与组装

基因组de novo组装方法

重复序列分析技术

3、RNA分析

tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA干扰，SiRNA预测技术

4、基因预测

原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus

5、基因功能注释及常用的数据库介绍

四、基因组学研究概述

1、structural genomics： 结构基因组学

2、functional genomics： 功能基因组学

3、Drug discovery： 药物研发

4、Personalized medicine：个性化、精细医疗

五、DNA测序技术-转录组分析的进化

1、第一代测序技术：Sanger测序原理

2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术：Oxford NanoPore原理

5、其他技术Hybridization based methods （NabSys）

六、Experimental   procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications

Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS （RNA-Seq）

Transcriptomic analysis using PacBio （Iso-Seq）

IsoSeq Experimental design

七、Data analysis  （part 1）：data pre-processing

evaluation of data quality 数据分析

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

八、Data analysis （part 2）：reference free analyses（无参转录组分析）

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results （cummerbund）

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate （FDR）

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.

九、使用R语言进行生物信息学相关的分析

使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。

生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现

十、基因组可视化软件circos的使用

使用circos绘制基因组圈图

十一、生物信息学专业常用工具及绘图方法

应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换；

学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换

联系方式：张琦          联系电话：17310133545    010-56234740

联系邮箱：hdzkyjsjs@163.com     联系QQ：1206492125（请备注郑州培训）

时间：2017年3月23日-3月27日  （授课四天）

地点：河南    郑州

官方网址：http://ec.ict-ttc.com

主办单位：中科计算技术转移中心