2017年新疆首届生物信息学数据分析“基因组与转录组”专题培训班通知由正保医学会议中心搜集整理，内容如下：

　　培训内容：

　　生物信息学介绍 生物信息学介绍与前沿技术动态

　　序列的比对

　　1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

　　2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise

　　3、序列比对算法分析

　　基因组/基因注释分析

　　1、新一代测序技术原理和数据处理介绍

　　2、基因组拼接与组装

　　基因组de novo组装方法

　　重复序列分析技术

　　3、RNA分析

　　tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

　　RNA干扰，SiRNA预测技术

　　4、基因预测

　　原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus

　　5、基因功能注释及常用的数据库介绍

　　基因组学研究概述

　　1、structural genomics： 结构基因组学

　　2、functional genomics： 功能基因组学

　　3、Drug discovery： 药物研发

　　4、Personalized medicine：个性化、精细医疗

　　DNA测序技术-转录组分析的进化

　　1、第一代测序技术：Sanger测序原理

　　2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

　　3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

　　4、第四代测序技术： Oxford NanoPore原理

　　5、其他技术Hybridization based methods （NabSys）

　　Experimental   procedure for transcriptomic analysis Introduction

　　Number of duplications

　　Sequencing coverage

　　Transcriptomic analysis using NGS （RNA-Seq）

　　Transcriptomic analysis using PacBio （Iso-Seq）

　　IsoSeq Experimental design

　　Data analysis  （part 1）：data pre-processing

　　evaluation of data quality 数据分析

　　Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup

　　Quality filter, trimmer, clipper

　　Data analysis （part 2）：reference free analyses（无参转录组分析） Gene discovery

　　Trinity de novo transcriptome assembly

　　Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）

　　Abundance estimation using RSEM

　　Differential expression analysis using EdgeR

　　Explore the results （cummerbund）

　　MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate （FDR）

　　hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.

　　使用R语言进行生物信息学相关的分析

　　使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。

　　生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现

　　基因组可视化软件circos的使用

　　使用circos绘制基因组圈图

　　生物信息学专业常用工具及绘图方法

　　应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换；

　　学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换

　　具体上课安排，根据学员实际情况上课。

　　颁发证书：

　　学员经培训考试合格后可以获得：

　　由中国生物工程学会颁发的《生物信息工程师》水平认证培训证书

　　注：请学员带两寸白底彩照2张（背面注明姓名）、身份证复印件一张

　　报名办法及费用：

　　每人￥4500元（含报名费、资料费、培训费、考试费），住宿可统一安排，费用自理。

　　培训时间：2017.6.9——6.13

　　培训地点：新疆 乌鲁木齐

　　联系人：张爱国

　　联系电话： 136 8311 1214

　　主办单位：中国生物工程学会（中国科学院微生物研究所信息网络中心）