日期
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授课题目
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授课内容
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第一天
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精准基因组医学研究基础
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1、基因组信息学概论 2、精准基因组医学的机遇和挑战 |
转录组数据分析I
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1、二代测序数据介绍 2、测序平台发展 3、测序数据格式详解 4、质量控制介绍 5、数据比对分析 6、转录组测序原理介绍 7、转录组研究重要性 8、转录调控、疾病分型、分析标记物介绍 9、转录组研究方法比较 10、数据分析流程详解 11、转录组数据分析上机实践 12、Linux操作 13、比对软件介绍 14、融合基因检测 15、差异表达分析 |
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第二天
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转录组数据分析II
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1、从转录组数据发现SNPs 2、RNA-seq鉴定SNP的优缺点 3、RNA-seq分析SNP流程详解及上机操作 4、从转录组数据预测lncRNAs 5、lncRNA调控机制 6、RNA-seq分析lncRNA流程及上机操作 |
ENCODE计划及应用
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1、ENCODE计划介绍 2、ENCODE研究内容 3、ENCODE数据类型 4、ENCODE数据获取 5、ENCODE在线工具 6、利用ENCODE和GWAS数据进行疾病全基因组关联分析 7、GWAS相关疾病获取 8、ENCODE数据获取 9、ENCODE和GWAS数据共注释 |
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第三天
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ENCODE数据应用案例分析
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1、ENCODE数据应用案例分析 2、UCSC genome browser使用 3、基因相关信息的获取 4、疾病相关SNP注释 |
TCGA数据及应用
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1、TCGA数据介绍 2、TCGA项目背景 3、TCGA项目包含的肿瘤类型 4、TCGA项目包含的数据类型 5、TCGA保护数据的申请 6、TCGA数据应用案例分析 7、TCGA文件查询 8、TCGA表达量结果文件下载 9、TCGA临床数据下载 10、表达数据与临床数据的整合分析 |