怀孕时若发现有肾结石（多是超音波产检时意外发现），可等生产后再治疗，因为肾结石大多不痛（肾内有空腔，不会阻塞），顶多只是尿路感染或轻度血尿。输尿管结石就比较麻烦，由於不能照X-光，超音波仅能提供臆断，而难有确定，只能止痛和控制感染。若仍持续疼痛，则可考虑做膀胱镜，在输尿管内放一条双J型导管，引流阻塞的尿液多能解除绞痛。若导管放不上去，就要考虑做输尿管内视碎石，再不然要从腰部刺一条导管到肾内引流尿液了（这个步骤称为经皮肾脏引流），术后腰部要接一条管子外接一个尿袋。
此外，孕妇的尿路感染较易漫延肾脏（一般女性的感染多局限在膀胱和尿道，仅1%漫延至肾脏，孕妇则骤升为25%），一旦肾脏感染，除了会发冷发热和腰痛，还有菌血症和胎儿的危险。
氨苄西林青霉素可以使用，溴丙安太林慎用