婴幼儿期HBV感染的自然史一般可人为地划分为4个期：

①免疫耐受期：特点是血清HBsAg和HBeAg阳性，HBV DNA载量高，但血清ALT水平正常；

②免疫清除期：表现为血清HBV DNA载量较高，伴有ALT持续或间歇升高；

③非活动或低(非)复制期：表现为HBeAg阴性、抗-HBe阳性，HBV DNA载量低或检测不出(PCR)、ALT水平正常；

④再活动期：部分处于非活动期的患者可再次发生肝炎，表现为HBeAg阴性、抗-HBe阳性，但仍有HBV活动性复制、ALT持续或反复异常，成为HBeAg阴性慢性乙型肝炎，此期患者少部分可回复到HBeAg阳性的状态(特别是在免疫抑制状态如接受化疗时)。自发性HBsAg消失(伴或不伴抗-HBs)及HBV DNA降低或检测不到者常预后良好。