截至2013年底,学校有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、继续教育学院、职业技术学院等12个二级学院,晋祠学院1所独立学院,口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、外语系、信息管理系、体育教学部、计算机教学部8个直属系部,22所附属医院(其中非隶属附属医院18所),26个教学医院,86个其他教学基地,9个研究生培养基地。
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