在治疗消化系统疾病时，采用中西医结合的方法可以发挥各自的优势，达到更好的治疗效果。但是，在实际应用过程中需要注意以下几点：

1.明确诊断：无论是中医还是西医，首先需要对患者的病情进行准确的诊断。西医通过实验室检查、影像学等手段来确定疾病的性质和程度；而中医则注重整体观念，通过望闻问切等方式了解患者的整体状况。

2.优势互补：西医药物治疗通常针对病因或症状给予快速有效的干预，如抗生素对抗感染、止吐药缓解恶心呕吐等症状。中药则更侧重于调整机体功能状态，改善脾胃虚弱等问题，促进身体自我修复能力的提升。两者结合可以既解决急性问题又调理长期健康。

3.注意药物相互作用：在使用中西药时要特别留意可能存在的药物间相互作用。例如某些抗生素与含有大量鞣质的中药同用可能会降低疗效；部分抗酸剂可能会影响其他药物的吸收等。因此，在开具处方前应充分了解患者正在使用的全部药物信息，并咨询相关专业人士。

4.个体化治疗：每个人的身体条件、疾病特点都有所不同，所以在制定中西医结合方案时要根据个人情况进行调整。比如对于脾胃虚寒型胃炎患者，可以考虑配合使用温补脾胃的中药；而对于湿热内蕴者，则应选择清热利湿类药物。

5.监测与评估：治疗过程中需定期对患者的病情变化进行观察记录，并及时调整治疗方案。同时也要关注可能出现的不良反应或副作用，确保安全有效。

综上所述，在消化系统疾病的治疗中采用中西医结合的方式确实能够取得较好的效果，但需要医生具备扎实的专业知识和丰富的临床经验，以及患者自身的积极配合。