在眼科用药过程中，药物穿透角膜的方式主要包括被动扩散、主动转运和细胞旁路途径。其中最常见的是被动扩散，即药物分子通过浓度梯度从高浓度向低浓度区域移动，穿过角膜上皮层、基质层等结构进入眼内。角膜的前弹力层和后弹力层对药物也有一定的屏障作用。
主动转运则需要载体蛋白的帮助，某些特定药物或物质能够与这些载体结合，通过细胞内的能量消耗实现跨膜运输。然而，在眼部给药中这种机制相对较少见。
此外，还有细胞旁路途径，即药物分子不直接穿过细胞膜，而是沿着细胞间的空隙渗透进入眼组织。这一过程主要发生在角膜的上皮层和基质层之间较为疏松的部分。
为了提高药物在眼部吸收的效果，可采取一些措施如增加药物脂溶性、使用渗透促进剂或者改变给药方式（例如滴眼液、凝胶、环糊精等）来改善药物透过角膜的能力。
