药物分子大小对它是否能穿过血脑屏障有重要影响。血脑屏障是一种特殊的生理结构，它的主要功能是保护大脑免受有害物质的侵害，同时允许必要的营养物质通过。对于药物来说，想要有效地作用于中枢神经系统，首先需要能够穿透这层屏障。
一般来说，较小的分子更容易穿过血脑屏障。这是因为小分子尺寸更接近水分子等天然存在于体内的小分子，这些分子可以通过细胞间的微小间隙或特定转运蛋白进入大脑。而大分子由于体积较大，难以通过这种途径，除非它们与特定受体结合或者经过特殊处理（如使用纳米技术）。
此外，药物的脂溶性也是影响其能否穿过血脑屏障的重要因素之一。通常情况下，具有较高脂溶性的药物更容易穿透细胞膜，因此也更可能进入大脑。但是，如果一个分子过大即便它的脂溶性很好，也难以有效通过血脑屏障。
综上所述，在设计针对中枢神经系统的治疗药物时，需要综合考虑分子大小、形状以及化学性质等因素，以提高其透过血脑屏障的能力。
