长效硝酸酯类药物和短效硝酸酯类药物的主要区别在于作用时间和给药方式。长效硝酸酯类药物，如单硝酸异山梨酯，能够在体内持续释放活性成分，其作用时间较长，一般可以达到8小时以上，有的甚至可达24小时。因此，患者每天只需服用1-2次即可维持全天的治疗效果。这类药物主要用于预防心绞痛的发生。
而短效硝酸酯类药物，如硝酸甘油，则是快速起效但作用时间较短，通常在几分钟内开始发挥作用，持续时间大约为30分钟到1小时左右。它们主要适用于急性心绞痛发作时的紧急缓解。
两种类型的硝酸酯类药物虽然药理机制相似，都是通过扩张血管、降低心脏负荷来发挥治疗效果，但由于其作用时间和给药方式的不同，在临床应用上有所区别：长效制剂更适合作为维持治疗使用；而短效制剂则更适合于急性症状的即时处理。
