南京大学药物化学研究所成立于2002年，研究所现有固定人员5人，其中教授2人；客座教授4人及数名国外药学专家。
1.充分利用我所及化学化工学院力量，联合国内外专家，组成涵盖药物研发各领域的团队，建立较为完整的药物研发的上下游系统。针对我国重大疾病（如心血管药物，老年病药物），以有临床疗效的中草药或天然药物活性分子为起点， 以特定临床疾病为靶点，筛选和评价可能的化学单体和混合体， 寻找可能进入临床的药物，研发具有我国自主知识产权的创新药物，中药和药物新制剂。
2.建立和完善相应的GLP实验室和培养通晓GLP的骨干技术人材。争取建立起具有研、发、产、学功能， 既有学术气氛， 又具有实际研发能力的药物研发中心。
3.充分利用本所具有的国外师资研究力量，医学|教育网搜集整理逐步建立一个培养“高素质，国际化”的新药研发人才的教育系统。
