慢性肾小球肾炎在中医理论中属于“水肿”、“虚劳”等范畴，其病因病机较为复杂，主要涉及以下几个方面：
1. 肺脾肾功能失调：中医认为肺主气，司呼吸；脾主运化，为后天之本；肾藏精，为主水之脏。慢性肾小球肾炎的发生与肺、脾、肾三脏的功能失常密切相关。如肺失宣降，则不能布散津液，导致水湿内停；脾虚不健，则运化无力，水湿停滞；肾气不足，则封藏失职，水液代谢紊乱。
2. 饮食不当：长期过食肥甘厚味、生冷辛辣等食物可损伤脾胃，使脾胃功能减弱，不能正常运化水谷精微，形成内湿，进一步影响到肾脏的排泄功能。
3. 情志不遂：情志因素如忧思过度、精神压力大也会导致肝气郁结，进而影响脾肾的功能，造成气血运行受阻，水液代谢失常。
4. 外感六淫或疫毒侵袭：风寒湿热等外邪以及病毒细菌感染（中医称之为“温病”）均可直接损伤肾脏，引起肾小球炎症反应。尤其是湿热之邪最易困遏脾土，下注于肾，引发病症。
5. 先天禀赋不足或劳倦过度：先天性肾气虚弱或者后天因劳累、房事不节制等因素耗伤肾精，使肾脏失去滋养和保护作用，容易遭受外邪侵袭而发病。

综上所述，慢性肾小球肾炎的中医病因主要包括肺脾肾功能失调、饮食不当、情志因素、外感六淫或疫毒侵袭以及先天禀赋不足或劳倦过度等方面。在临床治疗时应根据患者的具体情况辨证施治，采取针对性措施以达到调整机体整体状态的目的。