高致病性禽流感，如H5N1亚型，在人体内可引起一系列严重的病理变化。这些变化主要涉及呼吸系统，但也可累及其他器官和系统。
首先，感染后最显著的病变发生在肺部。病毒会侵入呼吸道上皮细胞，导致急性炎症反应，表现为支气管炎、肺炎等。患者可能出现弥漫性肺泡损伤（DAD），这是一种严重的病理改变，特征为肺泡内充满透明膜物质，肺间质水肿及纤维化，严重时可发展成为急性呼吸窘迫综合症(ARDS)，威胁生命。
其次，高致病性禽流感病毒还可能导致全身多器官功能障碍。例如，在心脏方面，心肌炎或心包炎可能并发；肝脏可能出现肝细胞坏死与炎症反应；肾脏则可能发生肾小管损伤和间质性肾炎。此外，中枢神经系统亦可受到波及，表现为脑膜炎、脑炎等症状。
另外，病毒能够引起免疫系统的过度激活，产生所谓的“细胞因子风暴”。这种状态下，体内释放大量促炎介质如白介素-6 (IL-6) 和肿瘤坏死因子α (TNF-α)，导致全身性炎症反应综合征(SIRS)，加重了各器官的损伤程度。
综上所述，高致病性禽流感病毒不仅对呼吸系统造成直接损害，还通过引发免疫应答异常和多器官功能障碍，对人体健康构成重大威胁。
