在中医理论中，针灸治疗外科疾病时选择穴位主要依据的是辨证施治的原则。首先需要根据患者的具体病情来确定属于哪一种类型的症候，比如是风热毒盛、气滞血瘀还是湿热下注等，然后再选取相应的经络和穴位进行治疗。
1. 针对局部病变：对于一些特定部位的外科疾病，如痈疽疮疡、皮肤溃疡等，可以优先考虑选择病变部位附近的阿是穴（即病灶周围敏感点）以及与该区域相关的近部取穴。例如，在治疗乳腺炎时可选用乳根、膻中；治疗痔疮则可以选择承山、长强。
2. 根据脏腑功能：某些外科疾病可能涉及到内脏的功能失调，此时需要选取能够调节相应脏腑功能的远端穴位。如因肝胆湿热导致的黄疸性皮肤病，可以取太冲、阳陵泉等穴以清利湿热；若是由脾虚湿困引起的湿疹，则可选用足三里、阴陵泉等健脾化湿之效。
3. 调节全身状况：对于一些慢性或反复发作的外科疾病，在局部治疗的同时还需重视整体调理，选取具有强壮作用的大椎、关元等穴来增强机体抵抗力。
4. 配合其他疗法：在实际临床应用中，针灸往往与中药内服外用相结合，共同发挥治疗效果。此外，还可以结合拔罐、艾灸等多种方法以达到更好的疗效。

总之，在选择穴位时应综合考虑患者的个体差异和具体病情，灵活运用中医理论指导实践，并不断总结经验提高技术水平。