流感病毒的主要实验室检测样本是鼻咽拭子。这是因为流感病毒在感染人体后，通常会在上呼吸道特别是鼻咽部大量复制，因此从这些部位采集的样本中病毒含量较高，有利于提高病毒检出率。
具体操作时，医生或护士会使用特制的长棉签轻轻插入患者的鼻腔或咽喉处，旋转几圈以确保收集到足够的细胞和分泌物。除了鼻咽拭子外，有时也会采用口咽拭子（从口腔采集）或者下呼吸道样本如气管吸出物、支气管肺泡灌洗液等作为补充检测材料，尤其是在重症患者中或当上呼吸道取样结果为阴性但临床高度怀疑流感病毒感染时。
此外，在一些研究性实验或特殊情况下，还可能收集血清标本用于抗体检测，或是采集尿液、粪便样本以探索病毒是否存在其他排泄途径。不过对于常规的流感病毒诊断而言，鼻咽拭子是最常用且最有效的样本类型。
