药物通过多种机制来影响机体的功能，从而达到治疗疾病的目的。中西医结合执业助理医师在理解这一点时，需要从两个不同的医学体系出发，综合考虑药物的作用方式。

首先，在西医药理学中，药物主要通过以下几种方式发挥其治疗作用：1）改变细胞膜的通透性或直接影响离子通道的功能，如钙通道阻滞剂用于心血管疾病的治疗；2）影响受体，包括激动、拮抗和调节受体功能，例如β-受体阻断药可以降低心脏负荷；3）干扰酶活性，比如抗生素通过抑制细菌生长所需的特定酶来发挥抗菌作用；4）改变细胞内代谢过程或DNA合成，如抗癌药物阻止癌细胞的分裂与增殖；5）影响免疫系统，包括增强或抑制机体免疫力，用于自身免疫性疾病和器官移植后的抗排斥治疗等。

在中医理论中，则强调药物通过调整人体阴阳平衡、气血运行等方式来恢复健康。中药多以复方形式使用，每个成分可能具有不同的药效，共同作用于人体多个方面，如清热解毒、活血化瘀、补益正气等。中药的作用机制往往更加复杂和全面，不仅针对疾病的直接病因，也注重改善患者的整体状况。

中西医结合执业助理医师在临床实践中应当灵活运用上述两种理论体系的知识，根据患者的实际情况制定合理的治疗方案，既考虑药物的即时疗效，也不忽视长期调养的重要性。通过综合评估疾病特点和个人体质差异，选择最适宜的治疗方法，以期达到最佳的治疗效果。