中风后遗症的针灸治疗是一个综合性的过程，需要根据患者的具体情况来选择合适的穴位。在临床实践中，以下几个穴位常被用于改善中风后的功能障碍：
1. 百会穴：位于头顶正中线上，两耳尖连线的交点处。此穴位对于提升精神状态、缓解头痛有良好效果。
2. 风池穴：位于颈项部，当枕骨下凹陷与乳突之间的凹陷中。针刺风池可以改善脑供血，对偏瘫患者尤其有益。
3. 曲池穴：在肘横纹外侧端，屈肘时呈凹陷处。此穴位能够促进血液循环，缓解上肢麻木无力等症状。
4. 合谷穴：位于手背第一、二掌骨之间，约平第二掌指关节中点。合谷对于面部神经麻痹及言语不清有较好疗效。
5. 足三里穴：在小腿前外侧，当犊鼻下3寸，距胫骨前缘一横指（中指）。此穴位能增强机体免疫功能，促进消化吸收，对恢复体力大有裨益。
6. 三阴交穴：位于小腿内侧，当内踝尖上3寸，胫骨后缘。适用于下肢无力、步态不稳等症状的治疗。
7. 太溪穴：在足内侧，内踝后方与跟腱之间的凹陷中。太溪穴可以调节肾经气血，对于改善中风后的全身虚弱状况有一定帮助。
以上穴位的选择和配伍需要根据患者的具体病情来决定，并且针灸治疗应由具有专业资格的医生进行操作。此外，在针灸的同时配合其他康复训练方法如物理疗法、作业治疗等，将更有利于提高疗效。
