扶正祛邪的运用原则主要包括以下几个方面。

首先是攻补应用合理，即根据正邪双方力量对比来决定扶正与祛邪的主次和先后。当正气虚为主，邪气不盛时，应以扶正为主，兼顾祛邪。比如一些慢性疾病患者，身体正气亏虚明显，此时着重通过补益气血、调理脏腑等扶正方法来增强机体的抵抗力，使正气恢复，疾病自然好转。若邪气盛为主，正气未衰时，则以祛邪为主，兼以扶正。像外感实证，邪气较盛，应先采用发汗、清热、解毒等祛邪方法，同时适当给予扶正之品，防止祛邪过程中正气受损。

其次是把握先后顺序。先扶正后祛邪适用于正虚邪不盛，以正虚为主的情况，通过扶正使正气增强，再祛邪就更有力量。例如某些年老体弱患者，正气不足，虽有邪气但不严重，先进行扶正调理，待正气恢复后再祛邪。先祛邪后扶正适用于邪盛正虚，但正气尚能耐攻的情况。如急性感染性疾病，邪气亢盛，若不先祛邪，会进一步损伤正气，所以先祛邪，待邪去大半后再扶正。

再者是扶正不留邪，祛邪不伤正。在扶正时要注意避免助邪，比如使用补药时，若患者体内有实邪，要避免使用过于滋腻的药物，以免闭门留寇。在祛邪时，要防止损伤正气，选择合适的祛邪方法和药物，控制剂量和疗程，避免过度攻伐。

总之，扶正祛邪的运用需要综合考虑正邪的盛衰、虚实变化等因素，灵活运用扶正和祛邪的方法，以达到最佳的治疗效果。