乙脑病毒特异性IgM抗体阳性的意义主要在于它能作为早期诊断日本脑炎（简称“乙脑”）的重要依据。当人体感染乙脑病毒后，免疫系统会产生针对该病毒的特异性抗体，其中最早出现的是IgM型抗体。因此，在患者发病初期进行血清学检测时，如果发现乙脑病毒特异性IgM抗体阳性，通常提示近期有乙脑病毒感染的可能性较大。
需要注意的是，虽然乙脑病毒特异性IgM抗体阳性对诊断乙脑具有较高的参考价值，但也不能单独作为确诊依据。在临床实践中，医生还需要结合患者的流行病学史（如是否处于乙脑高发季节、是否有蚊虫叮咬史等）、临床表现以及其他实验室检查结果综合判断。此外，在某些情况下，如患者曾经接种过乙脑疫苗或既往感染过乙脑病毒，也可能出现IgM抗体阳性的情况，因此需要进一步的鉴别诊断。
