针灸治疗神经系统疾病的主要原理可以从以下几个方面来理解：
1. 调节气血：根据中医学理论，人体健康的关键在于气血调和。当人体的气血出现停滞或不足时，就可能导致各种疾病的发生，包括神经系统疾病。针灸可以通过刺激特定穴位促进血液循环，调节气血运行，从而达到治疗目的。
2. 平衡阴阳：中医认为人体内存在着阴阳两种基本物质及力量，它们之间需要保持动态平衡才能维持正常生理功能。当阴阳失衡时，则会引起多种病症。通过针刺不同性质（如补泻）的穴位可以调整身体内部环境，恢复阴阳和谐状态，对神经系统的紊乱有积极影响。
3. 激发经络：中医理论中的“经络”是指人体内的一系列通道系统，负责传输生命能量和信息。当某些经络受阻或功能减弱时，可能导致神经系统问题。针灸能够激活这些经络，促进其流畅运行，增强机体自我修复能力。
4. 促进神经再生与修复：现代研究发现，针灸可能通过释放体内生长因子、改善微循环等方式，直接作用于受损的神经细胞，促进其再生和修复过程。
5. 调节大脑皮层活动：有研究表明，针灸可以影响大脑皮层的功能区，如调节疼痛感知区域的活跃程度，对于缓解慢性疼痛等神经系统疾病具有重要意义。

综上所述，针灸治疗神经系统疾病的原理是多方面的，既包含了传统中医理论中的气血、阴阳和经络概念，也包括了现代医学对神经再生、大脑功能调控等方面的理解。