肺炎链球菌肺炎的确诊主要依赖于病原学检查，即从患者体内采集的特定标本来进行细菌培养和鉴定。最常用的标本包括痰液、血液以及胸腔积液等。
1. 痰液：这是最为常见也是首选的标本类型。医生会指导病人深咳以获取下呼吸道分泌物，尤其是早晨第一口浓稠的痰更为理想。在实验室中，通过对这些样本进行涂片染色（如革兰氏染色）观察细菌形态，并进一步做培养分离出肺炎链球菌。
2. 血液：当患者出现败血症或菌血症时，可以通过血液培养来检测是否有肺炎链球菌的存在。这种方法对于评估疾病的严重程度及指导抗生素治疗具有重要意义。
3. 胸腔积液：如果患者存在胸膜炎或者肺脓肿等情况导致胸腔内有液体积聚，则可通过穿刺抽取胸水进行检查。胸水中也可能发现肺炎链球菌，有助于明确诊断。
除了上述三种标本外，在某些情况下还可能需要通过支气管镜刷检或肺组织活检等方式获取更深入的样本以辅助确诊。但无论采取哪种方式获取标本，最终都需要结合临床表现、影像学检查结果以及实验室检测数据综合判断才能做出准确的诊断。
