归经理论的依据主要与中医的脏腑经络学说以及药物的疗效密切相关。

脏腑经络学说是中医理论的核心内容之一，它构建了人体生理和病理的基本框架。人体是一个有机的整体，脏腑经络相互联系、相互协调，共同维持着人体的正常生理功能。经络是人体气血运行的通道，它内连脏腑，外达体表，将人体的各个部分紧密地联系在一起。不同的脏腑经络有着各自独特的生理功能和病理变化特点。例如，心经与心脏的功能相关，主神明和血脉；肺经与肺的呼吸功能相关等。当人体某一脏腑经络发生病变时，就会出现相应的症状和体征。

药物的疗效是归经理论的重要实践基础。通过长期的医疗实践观察，人们发现不同的药物对不同脏腑经络的病变有着不同的治疗作用。比如，麻黄、紫苏等药物能发散风寒，治疗外感风寒表证，而这些表证多与肺卫相关，所以麻黄、紫苏等药归肺经和膀胱经；黄连、黄芩等药物能清热燥湿、泻火解毒，对心经、肝经、胃经等脏腑的火热之证有较好的疗效，故归心经、肝经、胃经等。又如，酸枣仁能养心安神，主要用于治疗心悸失眠等心经病变，因此归心经；杜仲能补肝肾、强筋骨，多用于肝肾不足所致的腰膝酸软等症，所以归肝肾经。

此外，现代研究也发现，药物的归经与药物在体内的分布、代谢等有一定的关联。一些药物能选择性地作用于某些组织器官，这也从一定程度上为归经理论提供了现代科学的佐证。总之，归经理论是中医在长期的医疗实践中，以脏腑经络学说为基础，结合药物的疗效总结出来的，它对于指导临床用药，提高用药的准确性和有效性具有重要意义。