痢疾的诊断依据主要从以下几个方面综合判断。
首先是病史方面。患者往往有与痢疾患者接触史，或者有不洁饮食史，比如食用了被痢疾杆菌污染的食物或水源等。这是重要的流行病学线索，提示可能感染痢疾杆菌而发病。
症状表现是诊断的关键。典型的痢疾患者通常起病急骤，会出现发热症状，体温可高达38℃甚至更高，同时伴有腹痛，疼痛部位多在脐周或下腹部，疼痛性质可为隐痛、胀痛或绞痛。腹泻也是主要症状之一，大便次数明显增多，每日可达数次至数十次，开始时大便可能为稀便，之后会迅速转变为黏液脓血便，这是痢疾较为特征性的表现。患者还会有里急后重感，即有强烈的便意，但排便时却排不出多少，总有排便不尽的感觉。
实验室检查也不可或缺。粪便常规检查可见大量的脓细胞、白细胞、红细胞，有时还能发现巨噬细胞，这对于诊断痢疾有重要意义。粪便培养如果能培养出痢疾杆菌，那就是确诊痢疾的金标准。血常规检查可能会显示白细胞总数及中性粒细胞增高，提示有感染存在。
此外，还需要与其他有腹泻症状的疾病相鉴别，如泄泻等。泄泻一般以大便次数增多、粪质稀薄为主，无黏液脓血便和里急后重感等典型痢疾表现。通过综合考虑病史、症状、体征以及实验室检查结果，才能准确诊断痢疾。
