安宫牛黄丸的君药是牛黄、麝香、犀角（现以水牛角浓缩粉代替）。
从药物特性来看，牛黄苦凉，其性善清心解毒，又能豁痰开窍，对于温热病热入心包、痰热蒙蔽心窍之证有很好的治疗作用。它可以直入心经，清除心经热毒，化解痰浊，恢复神明的清明。在安宫牛黄丸所针对的病症中，热毒内盛、痰蒙心窍是关键病理环节，牛黄的这一特性正好可以直击病机。
麝香辛温走窜，具有极强的开窍醒神作用。它能通行十二经，引导药力迅速到达病所，使闭阻的心窍得以开启。在温热病热陷心包导致的神昏窍闭状态下，麝香能够迅速发挥作用，让药物更好地发挥疗效，使患者从昏迷状态中苏醒过来。而且其走窜之性有助于其他药物的吸收和作用发挥，起到引领诸药的作用。
犀角（现用水牛角浓缩粉）性寒，善清心凉血解毒。温热之邪入营血分，会导致血热妄行等一系列症状，水牛角浓缩粉可以清解血分热毒，防止热毒进一步深入和扩散。它还能缓解因血热引起的烦躁、神昏等症状，对于安宫牛黄丸所治疗的高热神昏等症有重要的治疗意义。
这三味药相互配合，牛黄侧重于清心解毒豁痰，麝香侧重于开窍醒神，水牛角浓缩粉侧重于凉血解毒，共同针对温热病热闭心包证的主要病机，起到清热解毒、开窍醒神的核心作用，所以将它们作为安宫牛黄丸的君药。
