针灸治疗咽喉肿痛主要选经与咽喉的生理联系、经络循行特点以及病症的虚实属性等因素密切相关。
在经络系统中，多条经脉与咽喉有着直接或间接的联系。首先是手太阴肺经，其循行路线起于中焦，下络大肠，还循胃口，上膈属肺，从肺系横行至胸部外上方，出腋下，沿上肢内侧前缘下行，过肘窝入寸口上鱼际，直出拇指桡侧端。肺系即喉咙，所以当肺经经气不利或者肺脏有病变时，容易引起咽喉肿痛。在针灸治疗时，选取手太阴肺经上的穴位，如少商穴，它是肺经的井穴，具有清热利咽、醒脑开窍的作用，点刺放血可有效缓解咽喉肿痛的症状。
足少阴肾经也与咽喉密切相关，其循行从足小趾之下，斜走足心，出于舟骨粗隆下，沿内踝后，进入足跟，再向上行于腿肚内侧，出腘窝的内侧，向上行股内后缘，通向脊柱，属于肾脏，联络膀胱，其直行者从肾向上通过肝和横膈，进入肺中，沿着喉咙，挟于舌根部。肾阴亏虚时虚火上炎容易熏灼咽喉导致肿痛，此时选取足少阴肾经的穴位，像太溪穴，是肾经的原穴，有滋阴益肾、壮阳强腰的功效，针刺太溪穴能滋阴降火，改善咽喉肿痛的状况。
此外，手阳明大肠经也参与其中。它起于食指桡侧端，经过手背行于上肢伸侧前缘，上肩，至肩关节前缘，向后与督脉在大椎穴处相会，再向前下行入锁骨上窝，进入胸腔络肺，向下通过膈肌下行至大肠，属大肠。其支脉从锁骨上窝上行，经颈部至面颊，入下齿中，回出夹口两旁，左右交叉于人中，至对侧鼻翼旁。因为阳经多主表主热，外感风热之邪侵袭人体时，手阳明大肠经首当其冲，经络气血壅滞，可能引发咽喉肿痛。选择手阳明大肠经的穴位，如合谷穴，为大肠经原穴，具有疏风解表、行气活血、通络止痛的作用，针刺合谷穴可疏散