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维持蛋白质二级结构的化学键是氢键。
蛋白质三级结构的形成和稳定主要靠次级键——疏水作用力、离子键、氢键和范德华力等。维系四级结构的作用力主要是疏水作用力，
氢键和离子键也参与维持四级结构。并非所有蛋白质都有四级结构。含有四级结构的蛋白质，单独的亚基一般没有生物学功能。
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