在处理不合格的药品样本时，需要严格遵守相关的法律法规和行业标准，确保操作过程的安全性和合法性。首先，一旦发现药品样本存在质量问题，如包装破损、标签不清、过期或变质等情况，应立即停止该药品的使用，并将其隔离存放于专门区域，以防止与其他合格药品混淆。

接下来，需记录下不合格药品的具体信息，包括批号、生产日期、失效日期、数量等关键数据，并详细描述其不合格的原因。这一步骤对于后续的质量调查和问题追溯至关重要。同时，应及时向主管药师或质量管理部门汇报情况，根据内部程序启动不合格品处理流程。

针对不同的不合格原因，采取相应的措施：
- 若是由于储存不当导致的变质，则需检查仓库环境是否符合药品存储要求，并对相关人员进行再培训；
- 如果是因为生产环节出现的问题，则应与生产厂家联系，了解具体情况并协商解决方案；
- 对于过期药品，应当按照相关规定及时销毁，不得再次流入市场。

在整个过程中，所有操作都必须有详细的记录，并保存相关文件以备查证。此外，还应对不合格事件进行总结分析，查找原因、评估风险，制定预防措施，避免类似问题的重复发生。

最后，定期组织员工学习有关药品质量管理的知识和技能，提高全员的质量意识和服务水平，从而保障患者用药安全有效。