衣原体感染的病因是儿科主任医师会涉及到的知识点，医学教育|网搜集整理，请参考。

衣原体是惟一的具有两阶段繁殖周期的严格的细胞内寄生的原核生物。分为代谢不活跃的细胞外期和增殖性细胞内期两阶段。依其抗原性质、形态和所含糖原的不同分为：沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体、肺炎衣原体、兽类衣原体（对人类无致病性）。衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，医|学教育网搜集整理然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，医|学教育网搜集整理同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。其感染后获得的特异性免疫力较弱，持续时间短，易反复感染，清除不完全可造成持续感染，此外还存在大量无症状的隐性感染。