儿童睡眠障碍是一个系列疾病，不同的疾病具体的病因并不相同，但从疾病的发生来看，其病因主要有以下几个方面：
1.遗传因素
这些儿童睡眠障碍主要由基因的异常造成，最典型的是发作性睡病。
2.环境因素
睡眠的疾病发生于大脑，大脑是人类最频繁与外环境直接联系的人类器官，环境因素对大脑有着显著的影响，成为造成儿童睡眠障碍的主要因素之一，最典型的儿童睡眠障碍是入睡相关障碍。
3.遗传与环境共同作用
儿童睡眠障碍的大部分疾病都是遗传和环境共同作用的结果，对于某些遗传特质的大脑，在某些特定的环境中容易出现睡眠障碍的疾病。
4.躯体其他疾病
对儿童睡眠功能的影响，最典型的疾病是儿童呼吸睡眠暂停综合征。
总体来说，儿童睡眠障碍的病因非常复杂繁多，可以涉及到躯体疾病、饥饿、口渴或过饱、养育方式不当、睡眠习惯不良、精神因素和环境因素等影响。还会受社会心理因素，如家庭纠纷、父母亲抚养儿童观念的差别、经济状况、学校里老师的态度、与同学们的交往等因素的影响。
