1.内外生殖器解剖异常：

（1）处女膜闭锁：由于泌尿生殖窦上皮未向外阴、前庭贯穿所致。卵巢和第二性征发育正常。常在青春期发现有周期性腹痛，亦有因阴道宫腔积血而形成下腹包块，严重可引起尿频、尿潴留及便泌等压迫症状；

（2）先天性无阴道：副中肾管发育停滞未向下延伸所致。卵巢正常，如合并先天性无子宫或痕迹子宫为女性生殖道畸形综合征（Mayer-Rokitansky-Kuster-Hauser综合征）；

（3）先天性无子宫：副中肾管中段及尾部未发育所致。

2.内分泌异常：

（1）甲低：促甲状腺素TSH>10μIU/ml，灵敏促甲状腺素STSH>4.0μIU/ml游离T３或游离T4低。青春期甲低，使患者代谢缓慢，性腺轴成熟减慢，月经来潮延晚。早期甲低可合并性腺发育不全，预后不良；

（2）高催乳激素血症：催乳激素PRL>30-40ng/ml，可伴有溢乳，有垂体巨腺瘤或微腺瘤或空蝶鞍症，或垂体分泌催乳激素细胞增生所至。PRL高使GnRH及FSH受抑制引起低雌激素而闭经，青春期发病则原发闭经；

3.其他：

（1）炎症：幼年脑膜炎，脑炎后遗症，使下丘脑分泌受影响。或结核性腹膜炎盆器炎，引起子宫内膜结核，子宫内膜瘢痕，引起子宫性原发闭经；

（2）损伤：幼年恶性卵巢瘤手术切除子宫及双附件，尤其生殖细胞瘤，预后较好，可以存活，但为无子宫无卵巢的原发闭经。放射性治疗引起垂体及卵巢的损伤；

（3）营养性：营养极差可引起闭经，发育差所致。

闭经并不是病因就在下丘脑，有多种原因可以导致。