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小儿咳嗽的原因很多，最常见的是由于病原微生物感染所致，80%到90%应该是病毒感染起病，也有一部分是细菌感染，或者支原体、衣原体的感染等等。所以，需要到医院去进一步的做化验检查、血常规、C反应蛋白、降钙素原、支原体、衣原体的抗体检测等等，明确病因。
其次，咳嗽还可以是咳嗽变异性哮喘，这样的孩子往往有湿疹，有咳嗽，反复发作，不好，咳嗽往往是干咳，以晨起或者是夜间为主，可以查到过敏源阳性，特别是吸入过敏源，比如污尘、尘螨、花粉等过敏。因此，要根据孩子咳嗽的病因，进行系统的治疗。
其它少见的反复咳嗽的原因，还有先天性心脏病，先天性的大血管畸形等等，或者小婴儿存在胃食管反流，呛到气管反复引起的吸入性肺炎等等，需要到专科进行进一步的检查及鉴别。
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