HIV基因组为两条相同的RNA单链，每条单链含有9749核酸，由结构基因和调节基因等组成。
结构基因有3个：
（1）gag基因（群抗原基因）、编码核心蛋白p24.
（2）pol基因（多聚酶基因）、编码核心多聚酶。
（3）env基因（外膜蛋白基因）、编码外膜蛋白gp120和gp41.结构基因主要编码核心蛋白、多聚酶和外膜蛋白。
调节基因3个：
（1）tat基因（反式激活因子）医学|教育网搜集整理、对HIV基因起正调控作用。
（2）rev基因（病毒蛋白表达调节因子）、增加gag和env基因对结构蛋白的表达。
（3）nef基因（负因子）、有抑制HIV增殖作用。
调节基因主要通过调节蛋白作用于病毒基因组或其mRNA的某一段序列上。
还有4个基因：
（1）vif基因（病毒感染因子）、在一些细胞因子协同下，促进HIV在细胞内复制。
（2）vpr基因（R蛋白）、能使HIV在巨噬细胞中增殖。
（3）vpu基因（U蛋白）、促进HIV-1从细胞膜上释放，仅在HIV-l中。
（4）vpx基因（X蛋白）、是HIV-2在淋巴细胞和巨噬细胞增殖所必需，能促进病毒粒子的形成，仅存在于HIV-2中。
