引起继发性免疫缺陷的原因有很多，现将主要原因概述如下：
（一）感染
许多病毒、细菌、真菌、原虫等急慢性感染常引起机体防御功能低下，使病情迁延及易并发其它病原体的感染，造成病情严重和疾病复杂化。近年来报告的获得性免疫缺陷综合征就是与病毒感染有关。
先天性风疹综合征的患儿，伴有T细胞、B细胞免疫缺陷，血中IgG、IgA明显降低。虽有抗风疹病毒抗体存在，但患儿仍继续排泄病毒，一旦风疹病毒被清除后，免疫功能才得到改善。麻疹病毒、肝炎病毒等急性感染时，常有T细胞免疫抑制，可引起结核杆菌、真菌等感染。
严重细菌感染，尤其是胞内菌感染，除细菌毒素直接对免疫活性细胞抑制外，巨噬细胞也受到抑制，这也是细胞免疫低下的一个重要原因。
（二）恶性肿瘤
肿瘤病人免疫功能低下，至少有五种情况：①免疫系统本身肿瘤如何杰金氏病、淋巴肉瘤、各类急性白血病和慢性淋巴细胞白血病以及骨髓瘤等，在肿瘤早期就可有免疫功能低下的现象，这不仅是肿瘤细胞“排挤”了免疫活性细胞，同时因抑制性细胞增加，血中出现抑制因子之故。②不少肿瘤细胞能分泌免疫抑制因子，尤其是肿瘤晚期分泌量增多。③多数晚期肿瘤患者血清中具有免疫抑制作用的α球蛋白增高。④抗肿瘤治疗导致免疫功能低下。⑤恶病质造成的严重营养不良。
（三）免疫抑制剂和抗生素等药物
常用的免疫抑制剂有皮质类固醇、环磷酰胺、硫唑嘌呤、硫基嘌呤、氨甲蝶岭、环孢霉素A、抗T淋巴细胞免疫球蛋白（ATG）以及γ射线等。上述制剂大剂量或长期应用时易导致严重感染，尤其是条件致病菌的感染以及肿瘤发生率显著增高。
皮质类固醇在低剂量时能使周围血中单核细胞减少，抑制中性粒细胞粘附在血管床上，稳定溶酶体膜，抑制吞噬细胞的吞噬和脱颗粒作用，因而有消炎的作用。在中等剂量时还能妨碍巨噬细胞和淋巴细胞之间相互作用，阻止淋巴细胞释放淋巴因子，阻碍淋巴细胞对靶细胞的杀伤作用，还能加速IgG的分解，故能抑制原发性免疫反应和迟发型超敏反应。一次大剂量应用时，周围血淋巴细胞（主要是T细胞）显著减少，但24小时内又可恢复正常，因而不是淋巴细胞溶解作用，而是分布改变。皮质类固醇不仅能诱发细菌感染，而且也能诱发病毒、真菌、原虫等的感染。
环磷酰胺、硫唑嘌呤和氨甲蝶呤是常用的细胞毒药物。前者抗炎作用不强，但对淋巴细胞尤其是B细胞有较强的抑制作用；后两者有较强的抗炎作用，对粒细胞抑制较强，对T、B也有抑制作用。
环孢霉素A（cyclosporin A）是环状多肽，近年来应用在抗排斥反应、抑制移植物抗宿主反应和治疗自身免疫病方面，均取得良好效果。它不是细胞毒药物，而是选择性抑制辅助细胞（TH），因而能抑制细胞免疫反应和对胸腺依赖抗原的抗体生成。体外研究表明，环孢霉素A低剂量时能封闭T细胞上的白细胞介素2（IL-2）受体，高剂量时能损害T细胞释放IL-2.由于它是选择性免疫抑制剂，故感染的发生率要比其它抑制剂要少得多，但长期应用时感染的发生率与其它抑制剂一样，仍然很高。
大多数淋巴细胞对γ射线十分敏感，全身主要淋巴组织经X线照射后，出现淋巴组织萎缩，周围血淋巴细胞数减少，T细胞功能受到强烈抑制，这种免疫低下状态可持续数年之久。
抗生素类药物也能抑制免疫功能。氯霉素类能抑制初次和再次免疫的抗体生成，在体外能抑制T细胞对有丝分裂原的增生反应。四环素类能抑制脾细胞的抗体生成和白细胞趋化功能。氨基糖甙类抗生素，如链霉素、卡那霉素、新霉素等，对T、B淋巴细胞也有抑制作用。临床上长期应用广谱抗生素后常诱发白念珠菌、各种低致病力病原体感染，除菌群失调外，还与免疫力低下有关。
有一些药物，如苯妥英钠、普鲁卡因胺、胶体金，能引起选择性IgA的缺乏，停药后逐步恢复。
（四）营养不良与营养过多
1.蛋白质热卡不足 蛋白质热卡长期供给不足，尤其是在儿童和老年人易发生分支杆菌、病毒和真菌的感染，反映了细胞免疫功能低下。患者淋巴器官萎缩、周围血淋巴细胞减少，对某些抗原迟发型皮试反应阴性。体外试验发现患者淋巴细胞对丝裂原的增生反应和分泌淋巴因子（如干扰素）能力降低。病人有低白蛋白血症，多数人免疫球蛋白含量正常，部分有SIgA缺乏（易罹患革兰阴性菌感染和食物过敏症）。患者中性粒细胞、单核和巨噬细胞的氧化还原能力降低，因而杀菌力减弱，这也是易感染的原因。
蛋白质热卡不足时，常伴有维生素和矿物质的缺乏，尤其是锌、铁的缺乏。这与病人免疫功能低下也有一定关系。
2.蛋白质耗失 肾病综合征、肥厚性胃炎、节段性肠炎以及小肠原发性和继发性淋巴管扩张等常伴有大量蛋白质丢失和吸收不良，造成继发性低γ球蛋白血症。它与原发性低γ球蛋白血症的区别之一是伴有低白蛋白血症。
3.维生素、矿物质的缺乏 维生素和矿物质的缺乏对免疫功能有不同程度的影响。维生素A、B6、叶酸、B12缺乏时，T细胞和B细胞功能皆明显低下；维生素B1、B2、H（生物素）、P（泛酸）的缺乏对B细胞功能有明显影响；锌、铁及硒的缺乏、对T细胞功能影响较大；维生素B12、B6、铁、铜的缺乏对中性粒细胞和巨噬细胞的功能有抑制作用。铁是许多氧化酶的辅基，铁缺乏时，吞噬细胞过氧化酶的活性降低，因而吞噬病原体后不能杀死它们。在补充铁剂时不要操之过急，要防止血清游离铁上升过高，反而有利细菌生长，加重感染。
4.脂质过多
肥胖者易感染，这与肥胖者淋巴细胞和吞噬细胞功能降低有关。高胆固醇血症患者T细胞、B细胞和网状内皮系统的功能均低下。饱和脂肪酸或不饱和脂肪酸过多均能抑制细胞免疫反应，抑制中性粒细胞趋化性和吞噬功能，以及网状内皮系统廓清能力。极低密度脂蛋白能抑制淋巴细胞及其它细胞的蛋白合成和DNA合成的启动。一些脂蛋白能干扰补体附着在细胞表面上，因而影响免疫功能。在病毒性肝炎和何杰金病时，血清中有一种β脂蛋白能抑制T细胞花环形成和T细胞发育成熟。
（五）肝、肾功能不全
各种原因引起的肝实质性损害所造成的急性或慢性肝功能不全，常伴有高γ球蛋白血症，细胞免疫和体液免疫以及吞噬细胞功能缺陷。患者血清还有多种免疫抑制因子存在，如甲胎蛋白，α球蛋白以及与病毒性肝炎感染有关的能抑制T、B细胞增生反应的多肽和抑制花环形成的β脂蛋白。肝功能不全时，枯否氏细胞清除从肠道侵入的微生物和毒素以及从肝动脉来的病原体和免疫复合物的能力明显降低，中性粒细胞趋化能力也发生障碍。上述免疫缺陷是造成肝病时易感染的原因。
尿毒症患者的细胞免疫功能明显低下，迟发型皮试反应常阴性，有人认为，细胞免疫被抑制乃与细胞酸中毒有关。也有人认为，尿毒症时血清中还有免疫抑制因子存在。
（六）其他
1.糖尿病患者易发生各种化脓性感染，曾认为是由于血糖过高引起的，现认为与中性粒细胞趋化作用障碍有关。
2.柯兴综合征易发生感染，是与皮质类固醇过高抑制淋巴细胞和吞噬细胞功能有关。
3.大面积烧伤好发感染是与皮肤屏障受损、白细胞趋化和吞噬功能减弱、血中淋巴细胞数减少，血清调理作用降低以及应激引起皮质类固醇升高等因素有关。
4.胸导管引流术是延长移植肾存活的有效措施之一。引流后的细胞中80～90%是T细胞。因此患者周围血淋巴细胞锐减，细胞免疫反应低下和血清IgG下降。
5.麻醉及较大外科手术（如胆囊切除）均可引起免疫功能一时性下降，易发生感染。全身麻醉剂能抑制白细胞吞噬功能并使周围血白细胞减少（可能是抑制白细胞有丝分裂），以及抑制淋巴细胞对抗原的应答反应。较大手术后病人周围血淋巴细胞绝对减少，对特异性抗原和非特异性有丝分裂原的增生反应均降低，这可能与应激反应有关；此种状态可持续7～10天，在此期间病人对微生物的易感性增高。
6.早产儿、新生儿和1岁以内的婴儿，因B细胞尚未发育成熟，且T辅助较弱，血清补体少以及吞噬细胞功能低下，因此易于感染。60岁以上老人，因T细胞功能低下，尤以T抑制细胞更为明显，易发生病毒感染，自身免疫性疾病和肿瘤。
