HBV感染主要发生在肝细胞，由T淋巴细胞（机体免疫细胞）所引发的免疫反应对HBV感染者病毒的清除与破坏起着重要的作用。
急性乙型肝炎感染期，由于机体T细胞免疫细胞是活跃而强大的，故机体能可成功清除病毒。而在慢性乙肝感染者，机体的细胞免疫应对是弱小而单一的，故不足以清除病毒，而使病毒感染持续引起肝损害。慢性乙肝患者随着病情进展，T淋巴细胞亚群不仅与乙肝患者的病程有关，还与机体临床分期有关。
抗病毒治疗后机体T细胞免疫反应增强。动物研究发现，在肝脏T细胞浸润达到峰值之前，肝脏及外周HBV-DNA的数量就开始下降，抗病毒药在抑制病毒复制的同时增加体内免疫细胞的数量及其功能，以利于病毒的进一步清除。
乙肝感染的转归与结局取决于感染的病毒数量和人类机体抗病毒的免疫反应之间的平衡。抗病毒免疫反应迅速、有效，则能持久限制病毒感染的扩散。
