菘蓝是古代染料的重要材料。菘蓝和另外一种植物蓼蓝都是古代制造蓝靛的主要原料之一。菘蓝又名大青,其成分中含有大青素B(Isatin B,菘蓝甙),它实际并非真正意义上的甙,而是吲哚酚与果糖酮酸所形成的酯,吲哚酚配糖体在碱性发酵液中会被糖化酶或碱剂分解,游离出吲哚酚,进而在空气中氧化缩合为蓝色的沉淀——蓝淀(靛蓝)。由于菘蓝甙比蓼蓝中存在的靛甙更容易水解,所以在科学技术不够发达的时期,菘蓝制靛比蓼蓝等其他蓝草更为普及,明代之前的典籍甚至有“蓼蓝不堪为靛”之说。到了近代,西南少数民族地区制造靛蓝才广泛使用蓼蓝。闽南地区为当时的主要产地。