1、青霉腐烂病，收获和运输时，尽量不使种球受伤；种植前用2%的高锰酸钾溶液浸泡：小时；生长过程中随时拔除病株。
2、干腐病，种植时选用无病母球，生长过程中及时拔除病株。
3、“盲花”为生理病害，多在冬季保护地栽培中发生。防止的方法是保证适宜的温度和光照，选择耐低温和短日照的品种。 主要害虫是双线嗜粘液蛞蝓，可用石灰水、氨水喷杀；于园圃周围撒石灰粉，阻止其进入；人工扑杀。唐菖蒲球茎病害较为严重，因此球茎消毒是一项重要措施，方法是去除球茎皮膜，浸入清水中15分钟，再浸入80倍福尔马林液30分钟或0．2%代森铵10分钟再用清水冲洗后栽植，夏季高温多湿，易患立枯病，除喷洒1000倍托布津液或结合灌水，每平方米施用代森镇10克防治外，还应注意避免垂花；若发现有线虫危害时，应将种球掘起烧毁，除作土壤消毒外，亦必须进行轮作。
