银杏的药用主要体现在医药、农药和兽药3个方面。明代李时珍曾曰："入肺经、益脾气、定喘咳、缩小便。" 清代张璐璐的《本经逢源》中载银杏有降痰、清毒、杀虫之功能，可治疗"疮疥疽瘤、乳痈溃烂、牙齿虫龋、小儿腹泻、赤白带下、慢性淋浊、遗精遗尿等症"。明代江苏、四川等地曾出现了用银杏炮制的中成药，用于临床。银杏外种皮含有大量的氢化白果酸和银杏黄酮。外种皮水溶性成分具有较好的镇咳祛痰作用，其作用性质与环磷酰胺及地塞米松类似。外种皮醇类中间体对22种临床常见致病真菌的抑制有效率为81%。0.1%的氢化白果酸抑制25种种临床致病真菌的有效率为92%。此外，外种皮提取物对苹果炭疽病等11种植物病菌的抑制率达88%-100%。醇提取物对丝棉金尺蠖3天内防治率达100%，同时可防治叶螨、桃蚜、二化螟等害虫。据《民间兽医本草》记载，银杏制剂可治家畜劳伤吊鼻、肺痈咳喘、肺虚咳嗽、尿淋尿血、母畜白带等症。山东牧畜医站研制的定喘汤，治疗鸡传染性喉气管炎，治愈率达95%。

银杏叶也具有重要的药用价值。到目前为止已知其化学成分的银杏叶提取物多达160余种。主要有黄酮类、萜类、酚类、生物碱、聚异戊烯、奎宁酸、亚油酸、蟒草酸、抗坏血酸、a-已烯醛、白果醇、白果酮等。中国科学院植物所等单位于60年代用银杏叶研制出舒血宁针剂，经试验对冠心病、心绞痛、脑血管疾病有一定的疗效。目前，用银杏叶提取物配制的护肤、护发等方面的产品达50余种。此外，利用银杏叶研制的银杏叶饮料、银杏桃果汁、银杏啤酒、银杏茶等保健品已在市场上流通，并取得了良好效果。同时，银杏叶也可以作为农药使用。将1kg叶加水20kg，煮沸30分钟，然后泡2-3天，取其药液喷红蜘蛛、菜青虫防虫率达90%以上，而且无残留。