少数病人出现头晕，恶心，呕吐，偶有不规则出血。用甲地孕酮治疗癌症时，体重增加、水肿、恶心、子宫痉挛和类似库欣综合征等不良反应发生率很高，也有少量病例出现血压上升、血栓、头痛、呼吸困难、阴道出血、神经质、出汗、头昏、胃肠道综合征、皮疹、血小板减少。
在一项Ⅱ期的临床研究中使用高剂量(每日480～1600mg)的甲地孕酮治疗47名晚期乳腺癌的绝经病人，在平均6个月(2～12)的治疗期内，不良反应发生率为：增重38例，浮肿16例，呼吸困难10例，高血压8例，便秘8例，高血糖6例，尿频5例，腹泻3例，胃肠不适3例，充血性心衰2例，静脉炎2例，胸闷2例。
47名病人中有6例不良反应严重。另一研究为67例高危的Ⅰ期或Ⅱ期(结节性)的黑色素瘤的病人，每日4次，每次80mg甲地孕酮，主要的不良反应是体重增加，服药组为8.2kg，对照组2.6kg，3例出现阳痿和性欲下降，但甲地孕酮的存活期达到7.6年而对照组仅为2.6年。血栓栓塞包括血栓性静脉炎及肺动脉栓塞罕见报道。
其它的不良反应：恶心与呕吐、水肿、月经崩漏、气急、肿瘤、扩大脱发、腕管综合征与皮疹。
