目前常用的抗病毒药物是核苷(酸)类似物，此类药物普遍存在耐药性，且疗程长、停药易反弹，因而，乙肝病毒耐药在抗病毒治疗中必然会出现。临床上乙肝病毒耐药包括基因耐药、病毒学耐药、生化耐药三个方面。
基因耐药，基因水平的耐药临床没有任何表现，乙肝病毒DNA仍然检测不到，但是直接查病毒基因发现耐药基因的突变，比如拉米夫定，我们查到MDD的免疫株出现，就认为耐药出现了；随着耐药株越来越多，变成优势株，一定会有乙肝病毒，病毒就会阳性，这就是病毒学耐药；随着病毒学耐药出现，转氨酶可能有一部分会出现反弹，这叫生化学耐药。
不管是哪种耐药性，一般症状和平时乙肝发病的症状有些相似，如恶心、呕吐、肝区疼痛、低烧、脱发、肝脏肿大、以及出现腹水等，由于这些症状与平时患者症状相似，一般很难被发现。
如今耐药性成了困扰医学界的一大难题，耐药细菌产生的速度远远快于人类新药的开发速度，因此开发出新型抗菌药势在必行。
