1．虚泻，冷痢。该品辛温而涩，入中焦，能暖脾胃，固大肠，止泻痢，为治疗虚寒性泻痢之要药。治脾胃虚寒之久泻、久痢者，常与肉桂、干姜、 党参、白术、诃子等药同用；若配补骨脂、五味子、吴茱萸，可治脾肾阳虚，五更泄泻者，如四神丸（《证治准绳》)。
2．胃寒胀痛，食少呕吐。该品辛香温燥，能温中理脾、行气止痛。治胃寒气滞、脘腹胀痛、食少呕吐等证，常与木香、干姜、半夏等药同用。
药方选录
1.四神丸（《证治准绳》），主治脾肾虚寒，五更泻泄，不思饮食，或久泻不愈，腹痛腰酸肢冷，神疲乏力等
2.真人养脏汤（《太平惠民和剂局方》），主治久泻久痢，脾肾虚寒，大便滑脱不禁，腹痛喜按喜温，或下痢赤白，或便脓血，日夜无度，里急后重，脐腹疼痛，倦怠食少
3.肉豆蔻丸（《太平圣惠方》），治小儿脾胃气逆，呕吐不止
4.肉豆蔻散（《太平圣惠方》），治霍乱吐泻不止
5.舒肝丸（《全国中药成药处方集》），主治肝气郁滞，两胁刺痛，饮食无味，消化不良，呕吐酸水，嘈杂，周身窜痛。
6.治疗水湿胀如鼓不食者 病可下：肉豆蔻、槟榔、轻粉各一分黑牵牛一两半（取头末）．上为末 面糊为丸如绿豆大．每服十丸至二十丸 煎连翘汤下食后 日三服．（《宣明论方》肉豆蔻丸） 7.治疗水泻无度、肠鸣腹痛：肉豆蔻（去壳 为末）一两生姜汁二合 白面二两．上三味将姜汁和面作饼子 裹肉豆蔻末煨令黄熟研为细散．每服二钱匕 空心米饮调下日午再服．（《圣济总录》肉豆蔻散）
