早期，商业化加工果糖主要以菊粉为原料。通过控制菊粉多聚果糖(Polyfructan)的水解，其中β-(1→2)糖苷键断裂，释放出含量丰富的呋喃果糖，呋喃果糖随后转化成更为稳定的异构物吡喃果糖。此法生产成本高，不适合果糖的大规模加工需要。

1847年法国Dubrunfant的开拓性果糖加工的工作，以蔗糖为原料。20世纪60年代期间，欧洲开始工业化生产结晶果糖。所用的方法是通过蔗糖的转化生成果糖和葡萄糖，之后通过离子排斥工艺来分离和纯化，最后严格控制果糖的结晶，加工纯结晶果糖。但是，果糖在水中的溶解度大，达到结晶过饱和度时的粘度太高，结晶操作困难，化学稳定性较低，整个生产周期超过一周。

1981年，密西西比河岸边的美国伊利诺斯州的汤姆逊城出现了世界上最大的纯结晶 果糖制造厂(名叫Xyrofin)。它是以液体葡萄糖浆为原料，经纯化和酶异构化后，利用传统的蔗糖提取果糖生产技术制造出质量特别高的结晶果糖，整个生产周期缩短至5天。

目前，以果葡糖浆生产工艺为基础，利用酶技术生产出结晶果糖。

工艺流程：

葡萄糖富集液 →回流 → 异构化酶柱 → 果葡糖浆

精致果葡糖浆 → 色谱分离 → 果糖富集液 → 浓缩 →加入晶种→ 冷却 →结晶 →

果糖母液 →回流 → 浓缩

离心分离 →果糖结晶 → 洗涤 → 干燥 → 筛分 →结晶果糖

42%果葡糖浆经过模拟流动床色谱分离得高纯度果糖富集液(含果糖97%，干基)，再经单效蒸发器浓缩至物质含量大于70%，在此糖浆溶液或醇—水系统中加入晶种进行冷却结晶，温度慢慢由60℃降至25℃，约有50%果糖结晶析出，果糖母液再回流。然后，经过离心机分离、蒸馏水洗涤、干燥、筛分等工艺处理，最后得到无水β-D-果糖结晶。结晶果糖吸湿性大，需在相对湿度低于45%的环境密封保存。