植物染色体主要分为3类：(1)M：中部着丝粒染色体；(2)T：端部着丝粒染色体；(3)t：近端部着丝粒染色体。尽管石蒜属的染色体数目与核型变异很大，但若折合成染色体臂数，则均为11的倍数。

目前关于石蒜属的核型演化趋势主要存在着互为矛盾的两个理论：一是融合理论(Fusion Theory)，认为香石蒜属染色体基数是X=11，具有2n=22=22t棒状染色体的植物均是原始类群，而具有二型性染色体的种都是由2n=22t染色体的祖先相继通过Robertson易位中的着丝点融合形成M型染色体衍生而来。2条染色体通过着丝点融合合并成1条染色体，或1条染色体的着丝粒分裂形成2条染色体的过程，统称为Robertson Change 。二是断裂理论(Fission Theory)，认为石蒜属祖先种的染色体组应为2n=12M，全部为大而具中部着丝粒的染色体，属的染色体基数是x=6，在以后的进化中，通过Robertson易位中的着丝点断裂，形成t或T型染色体，而衍生出具二型性染色体的种。

目前石蒜属中发现的多倍体有很多，如L．sprengeri(2n=33)、L．radiata(2n=33)和L．sanguinea(2n=32)是典型的三倍体，染色体均为t或T型。根据融合理论，L．squamigera(2n=27)，L．caldwellii(2n=27)，L．incarnata(2n=30)和L．houdyshelii(2n=30)是三倍体(2n=33t)。关于石蒜属植物三倍体的起源，目前有两种主要假设：一是起源于一个二倍体未减数配子与另一个二倍体的正常配子结合而生，Inariyama曾证明石(2n=33)是一同源三倍体；二是起源于二倍体与四倍体的杂交，但至今未在石蒜属中见到任何四倍体植株以及相关报道。石蒜属核型分析的结果表明，杂交在石蒜属中是一个非常普遍的现象，人们普遍认为杂交在石蒜属物种形成中起关键作用。