甲胎蛋白可以视为是一种肿瘤信号，它意味着肝脏可能产生了肝癌。关于甲胎蛋白与肝癌的关系，其实甲胎蛋白可用来当做检验肝癌的指标。但是，甲胎蛋白的高低与肝癌的大小并无绝对关系。甲胎蛋白和肝癌两者的关系有两点要注意一下：
第一，小型肝癌约有三分之一不会有甲胎蛋白上升，所以甲胎蛋白正常并不表示没有肝癌的存在。
第二，肝炎本身也会引起甲胎蛋白稍微的上升，因肝炎而产生的甲胎蛋白上升，其意义表示，受损的肝脏发生再生现象，而不是表示并发了肝癌。此种因肝炎导致的甲胎蛋白升高，其数值一般都在等四百以内(当然也有例外)。须注意的是，当谷丙转氨酶和谷草转氨酶下降以后，若甲胎蛋白并未跟着下降，则必须要考虑并发肝癌的可能性。此外，孕妇血中的甲胎蛋白值也会高一些。
甲胎蛋白越高，并非表示肿瘤越大。不过，如果是在同一个患者身上，甲胎蛋白的高低(与自己以前的数值比较)是相当具有参考价值的，可作为治疗成功与否，以及是否有肿瘤复发的一项指标。
