由颌骨的错位或畸形所致的骨性错合，并非仅源于牙的不规则排列，可以为多种原因所造成的。遗传方式、胚胎发育缺陷、创伤、功能影响等均起着重要的作用。有关颌骨的特殊遗传综合征或先天缺陷是罕见的，主要因创伤引起的错合也不多见。完美的咬合不一定只出现在原始人群，这一事实提示我们，理想合的改变是与正常功能协调的。

过去，颌骨的变异与长期生存及繁衍的过程相一致。现在，由于饮食的变化，导致颌骨的更大变异。

我们有理由认为大多数中等程度骨性错合是遗传因素所致，虽然这种遗传模式与我们的理想咬合概念不一致，但是与可接受的功能相协调。据报导，安氏Ⅱ类错合几乎全部是由于下颌发育不足所致。对大部份个体来说，有下颌后缩的遗传倾向，仅有少数安氏Ⅱ类错合是来自生长发育的特殊干扰，而且，任何一个病例不可能是单纯由功能不调造成的。然而，如果功能不调存在，则可促进安氏Ⅱ颊错合的形成。

较严重的安氏Ⅱ类错合病例亦是由这种遗传模式所致，环境因素加重了畸形的程度。与安氏Ⅱ类错合相反医学|教育网整理，安氏Ⅲ类错合是由上颌发育不足和下颌前突共同造成的。由于下颌位置不正常可使下颌的过度生长，这是髁突持续偏离关节窝刺激下颌生长的结果。下颌功能性变化仅对牙产生影响，但由于呼吸的需要，舌体的大小，咽腔大小等所造成的下颌位置则会影响颌骨的大小。现已明确下颌前突有明显种族或家庭倾向，但是分析遗传倾向是否是导致下颌过大的主要因素或者是否导致舌体过大以及其它可继发引起下颌过大的原因，则无关紧要。上颌发育不足的原因尚不清楚，如果仅仅因单纯的环境因素造成是不可能的。与安氏Ⅱ类错合相似，大多数骨性错合与遗传性的颌骨各部比例失调有关。

在习惯上，功能改变一直被认为与垂直骨性错合，尤其是前牙开合有关。一个前牙中度开合的儿童除非证明有其它问题存在，否则均可以认为有吮指习惯。此外，尽管开合与吞咽时舌的活动无关，但与舌的位置有关。由鼻咽部部分阻塞所致的舌位置的改变可能对开合形成起重要作用。后牙过度萌出亦可形成前牙开合，而下颌及舌的位置下降可允许后牙的过度萌出。但是医学|教育网整理，恰如面部前后比例和颌骨的垂直向比例都受遗传的影响。