过去通常将蕨类植物门下分为五个纲：松叶厥纲、水韭纲、木贼纲（锲叶纲）、真厥纲。前四纲是小叶型蕨类，较为原始古老，现存较少；而真厥纲是大叶型蕨类，现存最为繁茂。1978年，我国蕨类植物家秦仁昌教授把五纲提升为五个亚门：松叶厥亚门、锲叶亚门（木贼亚门）、水韭亚门、真厥亚门。
重要药用植物：石松科：石松全草能祛风散寒、舒筋活血、利尿通经。玉柏、垂睡石松、高山扁枝石松等全草亦供药用。
木贼科：木贼全草能收敛止血、利尿、明目退翳；问荆全草能利尿、止血、清热、止咳；节节草全草具有清热利湿、平肝散结、祛痰止咳作用；笔管草全草能利湿、退翳等；卷柏：全草含多种双黄酮。生用能破血，治闭经腹痛，跌大损伤医学|教育网搜集整理；炒炭用止血，治吐血，便血、尿血、脱肛。
木贼：全草能收敛止血，利尿、明目退翳。
问荆：全草能利尿、止血、清热、止咳。
紫萁：根茎入药作“贯众”用，能清热解毒、祛瘀杀虫、止血。
海金沙粗茎鳞毛蕨：根茎连同叶柄残基药用，中药称绵马贯众，可驱条虫和十二指肠虫，止血，并用治流行性感冒等。
贯众：根茎在南方作“贯众”用，功用同上种。
