复发性口腔溃疡首先与免疫有着很密切的关系。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫反应，引起组织的破坏而发病。
其次与遗传有关系，在临床中，复发性口腔溃疡的发病，有明显的家族遗传倾向医学教育网|搜索整理，我们常常看到，父母一方或双方若患有复发性口腔溃疡，那么，他们的子女就比一般人更容易患病。另外，复发性口腔溃疡的发作，常常还与一些疾病或症状有关，比如消化系统疾病：胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性或迁延性肝炎、结肠炎等，另外贫血、偏食、消化不良、腹泻、发热、睡眠不足、过度疲劳、精神紧张、工作压力大、月经周期的改变等等。
