对药物治疗有不良反应或无效者，可行手术治疗，针对不同患者采用以下不同术式：
1.保留生育功能手术
适用于年轻尚未生育的妇女。手术应保留子宫，行单例卵巢囊肿切除或卵巢巧克力囊肿剥离术，输卵管周围粘连分离术，盆腔内局部病灶电灼或切除，以及子宫悬吊术。术后症状多能改善，50～65%妇女术后有受孕可能。
2.保留卵巢功能手术
适用于35岁以下，已无生育要求的妇女。切除全子宫及盆腔内其他病灶，但保留一侧或部分卵巢以维持患者卵巢内分泌功能。
3.根治性手术
适用于近绝经期或虽较年轻但病变严重，且激素疗法无明显疗效者。行全子宫双附件及分腔内局部病灶切除。卵巢切除后，即使残留部分异位内膜，变可逐渐自行萎缩退化。医学，教育网 搜集整理术后视情况给予性激素治疗。
4.腹腔镜下手术治疗
是近年国外较普遍采用的新技术，分为电凝、烧灼及电切或激光切除三种。初步观察术后妊娠率较高。
