显微镜方法通过显微镜的放大作用，将细胞等有形成分直观、真实地呈现于镜下，这种传统手工操作方法各环节难以进行控制和定量化报告，致使尿沉渣检查标准化进程缓慢。
影像式尿沉渣分析仪，经过严格的定时、定速离心，留取定量的尿沉渣，以标准单位定量报告，因此同手工显微镜方法相比，它的分析标准定量、视野清晰、精确度较高，但许多步骤仍需人为操作，故仍可能存在人为误差。
流式细胞术尿沉渣分析仪，尿液不需离心，标本用量少，检测细胞多；检测速度快；检测总粒子范围大；每一标本检测步骤模式一致，且易于质量控制和标准化，因而检测精确度较高。
但是，尿沉渣自动分析仪目前尚不能检出滴虫、胱氨酸、脂肪滴或药物结晶等，也不能鉴别异常细胞，大量细菌、酵母菌还会干扰计数，对影红细胞容易漏诊；尤其不能明确病理性管形的分类。因此，目前的流式细胞术尿沉渣分析仪还不能完全取代显微镜镜检。此外，国内尚未建立公认的尿沉渣分析仪检查结果的参考值，其临床实医学教育网整理际应用价值尚须更多的临床实践。
