颌骨囊肿可根据组织来源和发病部位而分类。由成牙组织或牙的上皮或上皮剩余演变而来的，称为牙源性颌骨囊肿。由胚胎时期的残余上皮所致的囊肿和由损伤所致的血外渗液囊肿以及动脉瘤样骨囊肿等称为非牙源性颌骨囊肿。临床上均比较少见。
可根据病史及临床表现。穿刺是一种比较可靠的诊断方法；穿刺可见草黄色囊液，在显微镜下可见到胆固醇晶体；角化囊肿大多可见黄、白色角蛋白样（皮脂样）物质混杂其中。将抽出物做角蛋白染色检查均有助于对角化囊肿的诊断。
X线检查对诊断有很大帮助。囊肿在X线片上显示为一清晰圆形或卵圆形的透明阴影，边缘整齐，周围常呈现一明显白色骨质反应线医学教|育网搜集整理，但角化囊肿中有时边缘可不整齐。如为上颌囊肿，还可在囊内注入碘油后造影，以便进一步明确囊肿与上颌窦的关系，为确定手术方法作参考。根端囊肿在口腔内可发现深龋、残根或死髓牙医学教|育网搜集整理。其他牙源性囊肿在口内可能有缺牙。应当指出：临床上牙源性囊肿与成釉细胞瘤，尤其是囊肿与成釉细胞瘤同时存在的病例，有时很难区别，须借助病理检查方能最后确诊。
