1.根尖周囊肿：是由于根尖肉芽肿，慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮残余增生，增生的上皮团中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿。如果根尖肉芽肿在拔牙后未作适当处理仍残留在颌骨内而发生的囊肿，则称为残余囊肿。
2.始基囊肿：发生于成釉器发育的早期阶段，釉质和牙本质形成之前，在炎症和损伤刺激后，成釉器的星形网状层发生变性，并有液医学教育|网搜集整理体渗出，蓄积其中而形成囊肿。
3.含牙囊肿又称滤泡囊肿：发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出而形成含牙囊肿，可来自一个牙胚（含一个牙），也有来自多个牙胚（含多个牙）者。
4.牙源性角化囊肿：系来源于原始的牙胚或牙板残余，囊内为白色或黄色的角化物或油脂样物质，角化囊肿可以癌变。
